Ulu Cami'nin içindeki şadırvanın neden caminin ortasında olduğu hâlâ en çok merak edilen detaylardan biri. Rivayete göre evini satmak istemeyen bir kişinin talebi nedeniyle yapı planı değiştirildi.
Caminin tam 20 kubbeye sahip olması, Osmanlı'nın 20 ayrı cami yaptırma adağının tek yapıda birleşmesiyle ilişkilendiriliyor.
Duvarlarda yer alan dev hat yazıları arasında bazı gizli semboller ve özel anlamlar bulunduğu konuşuluyor. Hat sanatlarının bir kısmı dünyanın en büyük cami yazıları arasında gösteriliyor.
Caminin iç akustiği dikkat çekici detaylardan biri. Yüzyıllar önce yapılan yapıda imamın sesi teknolojik sistem olmadan her noktadan duyulabiliyor.
Rivayetlere göre caminin bazı bölümlerinde geçmiş dönemlerde gizli geçitler bulunduğu iddia ediliyor.
Evliya Çelebi'nin seyahatnamesinde Ulu Cami için "Bursa'nın kalbi" ifadesini kullandığı aktarılıyor.
Yangınlar ve depremler geçirmesine rağmen ayakta kalmayı başaran yapı, Osmanlı mimarisinin en gizemli eserlerinden biri olarak görülüyor.